Podczas obchodów 1000-lecia chrztu Polski w 1966 roku parafianie zgłosili jako votum milenijne budowę nowej świątyni. Spośród przedstawionych projektów wybrano ostatecznie do realizacji projekt inż. arch. Zygmunta Stępińskiego. Zgodnie z zamysłem architekta kościół jest pomnikiem ofiar mordu dokonanego przez Niemców 27 grudnia 1939 roku na ludności Wawra i Anina.

Do budowy kościoła przystąpiono w połowie 1976 roku. Od października 1976 ksiądz proboszcz Wiesław Kalisiak podjął się kierowania parafii. Jego nieprzerwanej i niestrudzonej pracy zawdzięczamy sfinalizowanie tak pięknego dzieła.

12 grudnia 1976 roku Prymas Polski, Ksiądz Stefan Kardynał Wyszyński dokonał poświęcenia kamienia węgielnego świątyni. W uroczystości tej uczestniczył również ksiądz Jerzy Popiełuszko, pracujący w naszej parafii jako wikariusz od października 1975 r. do maja 1978 r.

 

Kościół ukończono w stanie surowym w ciągu 4 lat i 13 grudnia 1980 roku Arcybiskup Bronisław Dąbrowski dokonał przeniesienia Najświętszego Sakramentu ze starego do nowego budynku. Stary, drewniany kościół dzięki staraniom Księdza Proboszcza został przeniesiony do nowej parafii w Tarchominie-Porajach. Nowy kościół aniński ozdobił ołtarz przedstawiający „krzew gorejący”, dzieło artysty-rzeźbiarza Władysława Trojana, oraz witraże pracowni Teresy Reklewskiej. Kierownikiem budowy kościoła był inż. Tadeusz Kaczorowski.

W 1989 roku parafii zwrócono budynek po byłym kinie Wrzos. 5 maja 1990 roku Prymas Polski Ksiądz Józef Kardynał Glemp otworzył Sympozjum Przedsynodalne 11 Polskiego Synodu Plenarnego.

13 czerwca 1992 roku, Prymas Polski, w obecności pierwszego Ordynariusza Diecezji Warszawsko-Praskiej Biskupa Kazimierza Romaniuka i Gospodarza Parafii, Księdza Kanonika Wiesława Kalisiaka, dokonał uroczystej konsekracji nowego kościoła pod wezwaniem Matki Bożej Królowej Polski.